段祺瑞有​袁世凱​的野心，卻沒有​袁世凱​的手腕和實力

在袁世凱還未稱帝的時候，就已經因為宋教仁案，國民黨人認為是袁世凱指使人幹的，從而發動瞭二次革命，幾個國民黨人任督軍的省宣佈脫離北洋政府，要武力討伐袁世凱。雖然南方很快在軍事上就失敗瞭，失去瞭在長江下遊的重要根據地，但廣東從此就基本上脫離瞭北洋政府的控制。

袁世凱稱帝之後，蔡鍔和妓女小鳳仙從北京逃走，先到日本，再輾轉經香港回到雲南，在雲南組織護國軍，發動討袁戰爭，西南各省紛紛響應。這也就意味著，西南也脫離瞭北洋政府的實際控制。這樣，就形成瞭廣東和西南實際上已經從北洋政府分裂出去的局面，加上外蒙古也宣佈獨立，就已經實際分裂瞭。

但這還隻是局部性的分裂，更為嚴重的分裂則是北洋軍系統內部也在袁世凱死後分裂瞭。袁世凱在世時，各省督軍就在自己的轄區內形成瞭軍閥化的趨勢，為瞭爭奪地盤和勢力范圍，即已經有瞭分裂的苗頭。但袁世凱好歹算是北洋共主，仍然能夠維持表面上的統一局面，不至於分裂。

袁世凱臨死前就已經取消瞭帝制，恢復瞭黎元洪的副總統職位，段祺瑞是國務卿。袁世凱死後，黎元洪繼任大總統，段祺瑞為國務總理，時為江蘇省督軍的馮國璋為副總統。