康熙禦駕親征​噶爾丹​，三敗​噶爾丹​終平叛亂

就在《中俄尼佈楚條約》簽訂的第二年，沙俄又唆使蒙古準噶爾部的首領噶爾丹進攻漠北蒙古，挑起叛亂。

元朝滅亡以後，蒙古族散居在長城以北的廣大地區，分為漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古三部分。噶爾丹，是為壯大準噶爾部奠定基礎的大汗多和沁的第六個兒子，他從小到西藏學習佛法，深得當時的五世達賴喇嘛的鐘愛和重視，曾授予他“呼圖克魯”的尊號。

康熙九年公元1670)，準噶爾內部為爭奪汗位發生內亂，大汗僧格被殺，噶爾丹趁機從西藏趕回，打著為兄長報仇的旗號，在阿爾泰山一場激戰中殺死長兄車臣，奪得準噶爾部的領導權。

自從噶爾丹成為準噶爾部首領後，他野心勃勃，妄想重新建立大蒙古帝國。他先是出兵消滅瞭和碩特部，自稱“博碩克圖汗”，兼並瞭漠西蒙古的其他部落；又向東進攻漠北蒙古，利用漠北喀爾喀蒙古內部的矛盾，侵占瞭他們的土地，開始稱霸北方。康熙皇帝曾經派使者到噶爾丹那裡，叫他把侵占的地方還給漠北蒙古，試圖調解漠北蒙古內部的分裂。但噶爾丹十分驕橫，不但不肯退兵，還以追擊漠北蒙古為名，大舉進犯漠南。