​孫中山​就任非常大總統

廣東雖然底定，但是孫中山與陳炯明的分歧和矛盾卻越來越大，集中表現在對軍隊的控制上。陳炯明的基本武力是粵軍，粵軍是孫中山向桂系千方百計爭來的，是以廣東省長公署警衛軍二十營為基礎，也可以說是孫一手造成的，孫自然認為這就是革命的基本武力，何況粵軍困處粵閩邊境時，也是孫一而再，再而三敦促陳炯明回粵趕走桂系。可是陳炯明回粵後，他便忘記瞭過去一切，他隻知道粵軍是他個人的武力，廣東是他個人的地盤，對於孫和軍政府，認為是芒刺在背，是眼中之釘，不僅不把孫中山、國民黨和軍政府放在眼中，而且還覺得是極大的累贅。

孫中山認為陳炯明把粵軍當作私人武力，廣東當做私人財產是錯誤的，粵軍應該是革命的軍隊，廣東應該是革命的基地，革命事業不能偏安一隅，應該集中一切人力、財力和物力，從事北伐。

孫中山和陳炯明之間看法和做法既然相差如此之大，因此影響到粵軍內部也有革命的一派，和陳炯明不革命的一派。粵軍共有兩軍，陳炯明以廣東總司令兼任第一軍長，許崇智為第二軍軍長。軍政府改組後，孫改任許崇智為國防第一軍軍長，另派黃大偉為國防第二軍軍長，這兩軍直接由軍政府直轄，不受廣東總司令的節制。至於陳炯明所指揮的粵軍第一軍，原轄第一師師長鄧鏗、第二師師長洪兆麟兩師，陳炯明又收編地方派軍人魏邦平為第三師師長。這三師完全是陳的私人武力，陳炯明這時兼任陸軍總長，可是他從不出席政務會議，隻是用廣東總司令兼廣東省長名義發號施令，根本不理軍政府。